Menurut Arief Rahman (sucba diver) menulis (2004:1)Kawasan Karimunjawa “memiliki sumber daya alam yang khas dan unik, baik dalam bentuk flora, fauna ekosistem………Karimunjawa sebuah oase di laut Jawa, terumbu karang, rumput laut dan padang laut dengan biota laut yang beraneka ragam hutan mangrove, gunung dan sisa hutan tropis dataran rendah, semuanya dalam hamparan yang masih utuh dan alami.” Sifat yang dimiliki Karimunjawa inilah yang menjadi objek yang memiliki daya tarik tersendiri bagi para wisatawan asing.
Objek sumber daya alam laut yang terdapat di kawasan Karimunjawa adalah; (Pelaksana 2004:11)
Ekosistem Terumbu Karang
Ekosisitem terumbu karang adalah sumber daya alam terdapat di seluruh perairan Karimunjawa. Ada 3 tipe terumba karang yaitu; tipe karang tepi (fringing reef), tipe karang penghalang (barrier reef) dan tipe karang taka/gosong (patch reef). Tipe karang tipe merupakan tipe karang yang mengelilingi pulau-pulau, tipe karang penghalang terdapat paling luar pulau-pulau yang menjadi penghalang ombok dan tipe karang taka/gosong muncul kepermuhaan seperti gundukan yang luas. Di bawah laut ada berbagai bentuk dan warna-warni karang yang unik dan yang menjadikan pemandagan yang khas.
Keindahan pemandangan adalah menambah oleh berbagai jenis ikan karang dan biota laut lainnya. (Pelaksana 2004:11)
Sumber daya alam laut inilah yang menimbulkan berbagai aktifitas wisata yaitu; menyelam, snorkeling, berenang, maupun pemandangan dengan kapal kaca.
Ekosistem hutan pantai
Pemandangan di sepanjang pantai diperindah dengan adanya hutan pantai yang terdapat di pulau pulau di Karimunjawa.
Di sepanjang pantai jenis-jenis pohon yang umum terdapat adalah Cemara Laut, Kepala, Ketapang dan Pandan. Hutan pantai ini menarik satwa khususnya burung-burung. Burung yang umum terdapat yaitu; Raja Udang, Elang Laut, Belibis, Walet, Bangau, Trinil, Dara laut, Gongsa laut, dan jenis jenis lainnya. (Pelaksana 2004:12)
Ekosistem hutan mangrove
Fungsinya hutan mangrove adalah pelindung pantai dan tempat berkembang biaknya berbagai jenis ikan dan hewan lainnya.
Hutan mangrove adalah atraksi untuk pariwisata karena wisata dapat berjukung (canoeing) disekitar hutan mangrove. (Pelaksana 2004:12)
Pantai pasir putih
Pantai pasir putih di Karimunjawa menpunyai pasir putih yang masih alami. Pantai pasir putih menarik pariwisata untuk aktifitas seperti berjemur (sun bathing) dan berjalan-jalan di sepanjang pantai. (Pelaksana 2004:12)
Flora dan Fauna
Flora dan Fauna terdapat seluruh ekosistem di Karimunjawa. Flora laut yang ada yaitu; Macroalga, rumput laut dan lamun. Fauna terdapat di perairan Karimunjawa adalah lumba-lumba. Ini atraksi untuk pariwisata sebagai flora dan fauna ini terdapat perjalanan berkeliling kepulauan Karimunjawa.(Pelaksana 2004:12)
Perairan Laut yang jernih
Para wisatawan yang mengunjungi karimunjawa dapat berenang di laut yang jernih dan belum tercemar. Aktifitas wisata di laut Karimunjawa yang menarik pariwisata adalah;
(Pelaksana 2004:3)
A) Menyelam (diving)
Menyelam adalah paling populer objek wisata di kawasan Taman Nasional Karimunjawa.
Ada 31 spot penyelaman di kawasan Taman Nasional Karimunjawa yang sering dilakukan penyelaman. 31 spot ini tersebar pada 14 pulau, 4 gosong dan 2 taka.
Lokasi-lokasi penyelaman berikut; (Pelaksana 2004:14)
Pulau Menyawakan
Ada 4 spot penyelaman yang berdiri di pulau ini, yaitu;
*Hawksbill Point
Kedalaman 10meter spot ini memiliki keindahan karang. Penyu sisik sering mencari makan di rataan terumbu karang. Ada sekompok barakuda yang sering berpatroli spot ini dan ikan buaya dan ikan scorpion (lepu ayam) terlihat diantara celah karang.
*Shark Point
Spot ini memiliki biota pemangsa yang cukup besar, seperti ikan hiu, sirip putih dan barracuda. Spot ini memiliki karang yang indah juga.
*Hilly Reef
Spot ini menpunyai keindahan terumbu karang yang luar biasa. Lingkungan di sini tumbuh hingga kedalaman lebih dari 40meter.
*Pioneer Reef
Lokasi ini menpunyai terumbu perintis (pioneer) yang berukuran kecil kecil. Tidak bisa terlihat banyak terumbu perintis dari lokasi ini. (Pelaksana 2004:14)
Pulau Cemara Besar
Ada dua penyelaman di sekitar pulau ini. Krakteristik dari dua penyelaman ini bentukan terumbu karang sampai kedalaman 30meter. Di dua spot ini kualitas dan variasi terumbu karang yang sangat baik. (Pelakasana 2004:14)
Pulau Cemara Kecil
Cemara kecil menpunyai dua spot yang bagus krakteristik dari kedua spot berbeda.
* Spot 1 (barat laut pulau)
Di spot ini ada kuda laut di pasir karang. Ada gundukan karang kedalaman 30meter. Gundukan karang dari karang masif dan punyai celah-celah gua kecil yang ikan kerapu dihuni. (Pelaksana 2004:15)
* Spot 2 (sebelah utara pulau)
Spot ini memiliki aneka warna dari jenis jenis ikan karang. Barakuda ada di spot ini juga dan ada sampai jumlah 80 ekor kumpulan. (Pelaksana 2004:15)
Pulau Geleang
Pulau ini terletak di Zina Inti. Ada banyak kehidupan laut dan akrang di lokasi ini yang keindahan yang menakjubkan. Lokasi ini bagus untuk kamera bawah air! (Pelaksana 2004:15)
Pulau Burung
Spot ini merupakan Zona Inti. Lokasi ini daerah untuk ikan kerapu.Penyelaman bisa terlihat gerombolan ikan ekor kuning dan ikan hijau. Karang di lokasi ini drop karena terletak berhadapan laut bebas sampai 40 meter. (Pelaksana 2004:16)
Pulau krakal Kecil
Ada satu spot yang bagus terletak di sebelah timur pulau ini. Ada terumbu karang yang hamparan datar dan drop dengan 121 jenis ikan karang dan 24 genera krang kedalaman sampai 40 meter. Pada musim timuran spot ini kurang aman karena ada gelombang yang cukup besar. (Pelaksana 2004:16)
Pulau Krakal Besar
Ada satu spot di pulau ini yang sering dikunjungi. Spot ini di sebelah timur pulau. Ada sebanyak 132 jenis ikan dan 22 genera karang. Berbagai jenis biota laut adalah moluska dan bintang laut kedalaman sampai 45 meter.(Pelaksana 2004:16)
Pulau Bengkoang
Terdapat dua spot penyelaman dengan krakteristik yang berbeda yaitu;
* Spot 1
Spot ini terletak di sebelah utara pulau. Sekelompok ikan kue dan payus berkeliling spot ini untuk mencari makan. Pada musim timuran dan baratan spot ini riskan untuk dikunjungi karena spot ini berhadapan denagn laut lepas. Terumbu karang kedalaman sampai 45 meter.(Pelaksana 2004:16)
*spot 2
Spot ini terletak di sebelah selatan pulau.Berbagai jenis kima terdapat di spot ini mulai dari ukuran kecil sampai 50cm. keindahan terumbu karang dimana terdapat ikan ekor kuning. Spot ini menarik untuk dikunjungi kedalaman sampai 35 meter. (Pelaksana 2004:16)
Pulau Menjangan Kecil
Spot ini sangat tinggi untuk kunjungan wisatawan. Terdapat 3 spot yang potensial dan atraktif. Spot ini sangat cocok dan aman untuk pelatihan penyelaman. Karakteristik ketiga spot sebagai yaitu; (Pelaksana 2004:17)
* Spot 1 (Menjangan Kecil)
Terletak di barat Menjangan kecil. Keindahan terumbu karang penutupan yang mulai dari kedalaman 3 meter pada waktu surut sampai kedalaman 30 meter. Ada berbagai jenis akar bahar dan berberapa ekor barracuda yang mencari makan di spot ini.(Pelakasana 2004:17)
* Spot 2 (Menjangan Kecil)
Spot ini memiliki kaya kehidupan laut dan karang. Spot ini cocok untuk penyelaman baru dengan tujuan memperkenalkan perairan terbuka. Ada kepiting karang yang besar dan sesekali ada ikan Napoleon yang melintas. Spot ini baik untuk pelatihan kedalaman sampai 18 meter. (Pelaksana 2004:17)
* Spot 3 (Mylim Reef)
Diantara Pulau Menjangan Kecil dan Menjangan Besar ada sebuah taka kecil. Penyelaman adalah menakjubkan bagi berbagai karang dan ikan yang tinggi sangat di spot ini. Pada waktu pasang ada hamparan karang yang dapat terlihat dari permukaan.Ada sebuah tugu bataas membentuk dari karang dan gua-gua kecil dan celah-celah membentuk drop yang menambah fantastic spot ini. Spot ini baik kedalaman sampai 25 meter. (Pelakasana 2004:17)
Pulau Tengah
Spot ini memiliki karang yang indah dan banyak jenis ikan. Ada jenis ikan kelelawar, ikan kakatua, ikan fusilier dan ikan napolean. Lokasi ini bagus untuk kamera bawah laut juga. Terdepat lokasi ini taka tengah yang memberikan pemandangan bawah laut yang indah kedalaman 20 meter. (Pelaksana 2004:18)
Pulau Kemujan
Lokasi ini memiliki wreck Indonor (reruntuhan kapal). Spot ini sangat menarik wisatawan. Wreck yang di spot ini adalah kapal uap Belanda yang tenggelam pada tahun 1963.
Spot ini sangat indah untuk menyelam pada malam (night dive). Ada kesempatan ke melihat kepiting panah, kepiting karang lunak dan yang lain mahluk besar. Muka kapal terlihat dari permukaan jadi kedalaman kapal 16 meter saja. (Pelaksana 2004:18)
Pulau Parang
Di lokasi ini ada wreck Mitra. Kapal ini adalah kapal tradisional Bugis yang digunakan sebagai kapal pengangkut. Lokasi kapal ini kedalaman 26 meter dan spot yang sangat menarik untuk penyelaman. (Pelaksana 2004:18)
Pulau Karimunjawa
Ada 4 spot sekitar Pulau Karimunjawa yang meanarik penyelaman. Berikut;
* Datuk Reef
Datuk Reef berada sekitar perairan dusun Nyamplungan. Adapun karang yang mendominasi lokasi ini adalah karang yang berbentuk seperti meja (tabulate). Terumbu karang di spot ini terhampar sampai kedalaman 20 meter. (Pelaksana 2004:19)
* Tanjung Gelam
Kedalaman 10 meter, terdapat terumbu karang yang menarik di lokasi ini. Berbagai jenis ikan mencari makan dari lokasi ini, berikut; ikan ekor kuning, kerapu, kakaktua dan biota laut lainnya. (Pelaksana 2004:19)
* Mymun Reef
Spot ini berhadapan hutan mangrove. Ada banyak ikan-ikan kecil. Terumbu karang di lokasi ini berada di kedalaman sampai 17 meter. (Pelaksana 2004:19)
* Tanjung Benyeng
Lokasi ini terletak didekat perkampungan. Lokasi ini memiliki tebing yang sangat menarik. Kedalaman 25 meter. (Pelaksana 2004:19)
Pulau Katang
Diantara lokasi ini aktivitas nelayan tinggi dan ada eksploitasi oleh para nelayan. Di pulau ini ada hanya satu spot yang cukup diminati. Spot ini memiliki daerah yang miring dengan berbagai jenis ikan dan biasanya ada banyak ekor kuning yang berkeliling. Kedalaman 35 meter. (Pelaksana 2004:20)
Pulau Katang
Spot ini terlekat di bagian barat kepulauan Karimunjawa. Satu hal yang menarik dari spot ini adalah wreck Biblis. Kapal Reruntuhan ini sudah berada di dasar laut selama jangka waktu yang lama. Kedalaman 26meter.(Pelaksana 2004:20)
Karang Kapal
Spot ini memiliki karang yang sangat besar dan masih banyak yang belum tereksploitasi. Ada ikan kakatua berkepala jenong dan kadang kadang ikan hiu daerah ini. Kedalaman 35 meter. (Pelaksana 2004:20)
Taka Menyawakan
Spot ini memiliki karang yang spektakuler dengan lebih dari 250 jenis berbeda. Ada ikan kelelawar, ikan barakuda, tuna, penyu sisik, lobster, kima dan reruntuhan 2 kapal. Kedalaman 35meter. (Pelaksana 2004:20)
Taka Mrican
Terdapat berberapa jenis karang yang unik dan tidak terdapat lokasi yang lain. Karang di lokasi ini sangat indah! Ada jenis ikan buntal, kakatua dan ikan kerapu. Kedalaman 22 meter. (Pelaksana 2004:21)
Gosong Kumbang
Lokasi ini memiliki patahan-patahan karang. Terdapat gundukan gundukan karang besar dan gua-gua sampai kedalaman 20 meter. (Pelaksana 2004:21)
Gosong Cemara
Kedalaman 30 meter di lokasi ini ada kehidupan yang fantastik. Lokasi ini cocok untuk penyelam pemula. (Pelakasana 2004:21)
B) Snorkeling dan Berenang
Di kepulauan Karimunjawa ada banyak lokasi cocok untuk aktifitas snorkeling dan berenang. Dari sekian banyak lokasi spot, yang paling populer dan memiliki daya tarik tinggi adalah sebagai berikut:
-Pulau Cemara Besar
-Pulau Cemara Kecil
-Pulau Menjangan Kecil
-Pulau Geiam
-Ujung Geleang- ini bagain pulau Karimunjawa
C) Memancing
Ada banyak lokasi untuk memancing di kepulauan Karimunjawa. Adapun lokasi cocok untuk memancing adalah sebagai berikut:
-Pulau Kembar
-Pulau Nyamuk
-Pulau Parang
-Pulau Kumbang
-Pulau Menjangan Kecil
-Pulau Menjangan Besar
-Pulau Bengkoang
-Pulau Tengah
-Pulau Cemara Kecil
-Legon Lele
(Pelaksana 2004:25)