Adapun dampak negatif dari semakin banyaknya wisatawan yang datang ke Taman Nasional Karimunjawa adalah berikut:
Meningkatnya jumlah wisatawan asing dapat menyebabkan meningkatnya limbah dan polusi. Unsur dari limbah MCK dapat menyebabkan alga di pantai yang bisa mengakibatkan kematian biota atau “eutrofikasi” (Pranata 2003: 46).
Limbah dan polusi berbahaya bagi lingkungan, teristimewa untuk Taman Nasional Karimunjawa yang masih memiliki sumber daya alam yang khas dan unik.
Sampah plastik dapat menjerat hewan khususnya jenis penyu dan celacea (lumba-lumba) yang terdapat di Karimunjawa (Prantara 2003:46).
Dengan meningkatnya jumlah wistatawan asing berarti akan meningkatkan rekreasi laut seperti snorkeling dan selam. Ini bisa merusak terumbu karang karena adanya sentuhan tangan dari para wisatawan atau pun karena orang lokal yang menggunakan kapal untuk pariwisata dan membuang jangkar yang merusak terumbu karang.
Menurut seorang polisi hutan di Karimunjawa, dampak dari adanya penyelaman di laut belum begitu terasa meskipun jelas ada. Hal inilah yang coba untuk diantisipasi karena biasanya orang sewaktu menyelam mungkin menginjak karang jadi biasanya dari pihak taman nasional menyediakan penyelam pendamping sehingga orang menjadi tahu daerah mana yang boleh dimasuki dan mana yang tidak.
Water sports
Peralatan dari kapal motor dan water sports dapat mengganggu pemberian makanan dan pola pemeliharaan burung burung dan bintang air (aquatik). Selain itu, kapal motor juga mengeluarkan banyak polusi yang bisa berdampak flora dan fauna di perairan.
Pemancingan rekreatif / Olahraga
Pemancingan rekreatif / olahraga di karimunjawa adalah olahraga yang mungkin akan mengalami peningkatan seiring dengan semakin banyaknya wisatawan asing yang datang ke sana. Di Taman Nasional Karimunjawa ada undang-undang mengenai umpan, peralatan dan jenis ikan yang boleh ditangkap. Kalau jumlah pemancing rekreatif / olahraga meningkat dan undang-undang mengenai pemancingan rekreatif / olahraga telah dikenal oleh para wisatawan dan masyarakat setempat maka diharapkan orang akan menjadi lebih bertanggungjawab dan hal ini juga akan meningkatkan kemampuan sumber daya biota laut untuk memulihkan diri.
Adapun keunikan yang terdapat di taman nasional ini adalah jenis ikan. Oleh karena itu kegiatan penangkapan ikan perlu dibatasi untuk mempertahankan sumber daya ekosistem biota laut, teristimewa pada saat meningkatnya kegiatan pariwisata ke daerah ini.
Daratan
Dengan semakin banyaknya wisatawan yang datang, daratan seperti bukit yang terdapat di Karimunjawa yang dipakai untuk kegiatan lintas alam akan memberikan dampak bagi lingkungan di sekitarnya. Semakin banyak orang yang melakukan kegiatan lintas alam maka kemungkinan dampak negatif terhadap lingkungan adalah sebagai berikut: tumbuh tumbuhan bertubrukan, erosi air dan erosi tanah akan terjadi.
Margasatwa
Melihat margasatwa seperti Elang Laut yang terdapat di Karimunjawa dapat mengganggu habitat mereka. Pemberian makanan kepada margasatwa oleh para wisatawan dan petugas wisata dapat merusak pola makan dan kehidupan margasatwa itu sendiri. Pemberian makanan kepada margasatwa adalah bukan merupakan suatu kebiasaan di Taman Nasional Karimunjawa. Akan tetapi dengan meningkatnya wisatawan asing hal itu mungkin terjadi.
Cinderamata
Cinderamata yang terdapat di kawasan Karimunjawa adalah kayu yang khas dan unik. Kayu-kayu inilah yang dipakai oleh orang lokal untuk membuat cinderamata. Seiring dengan meningkatnya jumlah kunjungan wisatawan ke kawasan Karimunjawa akan menaikkan permintaan akan cinderamata yang berarti membutuhkan penebangan pohon secara liar sehingga merusak lingkungan.
Dampak sosial, ekonomi dan budaya
Pembagian keuntungan pariwisata yang tidak seimbang dari pariwisata bisa jadi merupakan salah satu dampak negatif dari adanya kegiatan kepariwisataan. Selain itu, apabila investasi yang besar dalam bidang pariwisata tidak melibatkan penduduk lokal baik dalam proses rekruitmen maupun pengambilan keputusan kepariwisataan maka hal itu juga merupakan dampak negatif dan mungkin menjadi penyebab mengapa sebagian masyarakat Karimunjawa menjadi apriori terhadap kegiatan pariwisata.
Dengan meningkatnya wisatawan ini dapat menimbulkan percampuran dengan budaya setempat. Sekarang ini di Karimunjawa masih ada budaya masyarakat desa setempat yang sudah lama. Kalau pengaruh dari luar yang kuat maka hal ini kemungkinan akan menimbulkan keinginan materi dan merupakan beban berat bagi sumberdaya perairan. (Pranata 2003:49) Ini bisa menimbulkan bahaya karena dalam mempraktekkan kehidupan tradisional hanya bertujuan untuk kepentingan wisatawan saja dan bukan untuk kepentingan masyarakat Karimunjawa. Salah seorang penduduk lokal di Karimunjawa (DPD) yang diwawancarai menyebutkan:
“Yang penting begitu ada wisatawan naik ke Karimunjawa bertemu dengan penduduk kemudian aktifitas, berbaur......ya dengan adat ketimurannya, katakanlah pakaian. Tapi kalau sudah dilaut kadang-kadang kita tidak terpengaruh oleh mereka. Mereka paling menikmati laut dengan pakianan minim yang kebiasan mereka. Kita tidak mempersoalkan. Kemudian kita sendiri yang membentengi diri untuk anak muda, yang penting tidak terlalu hanyat untuk gayu gitu.”
Ini adalah contoh bagaimana budaya Karimunjawa bisa pengaruh akibat dari meningkatnya kegiatan kepariwisataan asing.
Kalau tidak ada sumbangan ekonomis distributsi dari pariwisata asing untuk penduduk setempat, ini dampak yang negatif. Kejadian ini sudah ke kawasan Karimunjawa oleh Kura Kura yang memberikan distribusi Karimunjawa yang kecil sekali. Ketiga saya wawancara masyarakat Karimunjawa, saya pertanyaan orang orang ‘ada kontribusi dari Kura Kura untuk masyarakat Karimunjawa, Mas Ari (orang yang berkerja di homestay di Karimunjawa) tersebut: (put in what kura said their distribusi was and what karimun said it was)
“Itulah yang menjadi permasalahan. Selama ini setahu saya Kura Kura resort belum ada bantuan-bantuan bagi Karimunjawa.......Tapi Kura Kura resort itu juga membantu pemasaran wisata Karimunjawa. Jadi Kura Kura itu memasarkan Karimunjawa lewat internet.”
Menurut seorang polisi hutan:
“Selama ini saya dengar dari masyarakat, mungkin kontribusinya malah sedikit untuk masyarakat Karimunjawa.”
Menurut Elizabeth (bapak dia pemiliki Kura Kura) kontribusinya dari Kura Kura untuk masyarakat Karimunjawa ada:
“Kura Kura membeli ikan-ikan dari masyarakat Karimunjawa dan masyarakat Karimunjawa berkerja di Kura Kura.”
Menurut Kura Kura, ada kontribusinya untuk masyarakat Karimunjawa, tetapi menurut mayjoritas masyarakat tidak ada kontribusinya atau ada sedikit kontribusinya saja.
Kehidupan laut jaring yang terpasang
Di Karimunjawa ada berbagai jenis ikan, penyu dan ikan hiu yang di dalam terlampir jaring jaring untuk menarik wistatawan. Ini merusak dan berbahaya untuk lautan kehidupan karena itu mengurangi dari tempat kediaman alamiah, makanan dan kehidupan pola pola.
Kemungkinan lebih banyak wistatwan asing arimunjawa mungkin menanaikkan kejadian lebih banyak lautan kehidupan di dalam terlampir jaring jaring, serperti sudah di Karimunjawa. Ini akan jadi dampak negatif untuk lingkungan dan lautan kehidupan di Karimunjawa.
